由于聚落的形态没有打破，所以各个哈拉和噶珊之间难免会发生冲突，这个时候就需要吉林将军从中调和，如果冲突规模较大的话，还必须呈报给皇帝处理。
因为这些渔猎部落生产力低下，因此清朝对于他们不像统治内地那样直接收取税收，而是实行贡貂赏乌林制度。贡貂即清朝政府规定边民每户每年必须要向朝廷上贡貂皮一张赏乌林指的是对于按时上贡貂皮的边民，清朝政府予以赏赐。
吉林将军当时的一大职责就是负责整个贡貂赏乌林制度的执行。但由于吉林地区面积太大，清廷又任命三姓副都统协助吉林将军管理吉林地区的贡貂赏乌林制度。
为了确保贡貂赏乌林制度的有效运行，清朝于康熙四十八年组织官员对黑龙江下游以及库页岛地区进行实地考察。这次考察的成果后来成为绘制《皇舆全览图》的主要数据来源，这也充分说明了黑龙江下游包括库页岛在内，自古以来就是中国的领土。
到了嘉庆以后，清朝国力日渐衰落。俄国趁此机会，加紧了对东北地区的入侵。
一八四七年，俄国任命穆拉维约夫为新一任东西伯利亚总督。穆拉维约夫到任后开始制定入侵中国东北的计划，并明确提出“必须占据黑龙江口和河口对面的萨哈林及黑龙江左岸”。从一八五二年开始，俄国趁着清朝内乱无暇北顾之际，派遣武装探险队侵入黑龙江下游以及库页岛地区，并在此建立了数个武装哨所。
一八五八年，趁着清朝与英法联军作战之际，穆拉维约夫强迫清朝黑龙江将军签订《瑷珲条约》。根据《瑷珲条约》的内容，除了割让黑龙江以北外兴安岭以南的大片领土给俄国外，乌苏里江以东包括库页岛在内属于吉林将军辖区的广大领土归中俄共管。
凭借着条约中所谓的“中俄共管”，俄国派人大举入侵乌苏里江以东以及库页岛在内的大片中国领土，并在此设立一系列机构。
1860年俄国决定趁此机会，以居中调停清朝与英法冲突为名，强迫清政府签订新的不平等条约。最终中俄双方签订了《中俄北京条约》，根据条约内容，原本属于吉林辖区的乌苏里江以东包括库页岛在内的领土割让给俄国。
至此之后，吉林从一个沿海大省变成了离大海最近的内陆省。
从军府到行省——吉林省的诞生
满洲入关统治中原后，东北地区的人口数量锐减。而满洲贵族出于对汉人的不信任，对广大的东北地区采取封禁政策。从顺治十八年开始，清朝在原明朝辽东边墙的基础上修建了柳条边墙，以防汉人进入。而吉林正好位于柳条边墙之外。因此清朝前期吉林地区的汉人的数量非常少。
八旗兵属于清朝的军事系统，而省、府、县这些行政单位属于民政系统，因为清初吉林地区汉人较少，没有设置像样的府县，也就没有必要在吉林设置民政系统。所以清朝初年并没有将吉林设置为行省，而是设置成军府，即我们所说的将军辖地。
但随着人口的增多，内地的人地矛盾越来越大。于是大量山东、山西以及河北地区的汉族农民冲过柳条边，到吉林地区定居垦荒。为了管理日益增多的汉人，清朝决定在吉林设立民政系统。雍正四年清廷设置永吉州以及泰宁县、长宁县，这是清朝在吉林省内设置的第一批州县。
到1840年之前，吉林省内已经有了吉林厅、长春厅以及伯都纳厅三个直属于吉林将军管辖的厅。这三个厅和当时的府类似，属于民政系统的行政单位。
