清廷也逐渐认识到吉林造船业对于整个东北的重要性，于是在康熙十五年将镇守宁古塔等处将军的驻地从黑龙江的宁古塔转移到了吉林乌拉。移至吉林后，负责造船和水师训练就成了宁古塔将军的一个重要职务，因此当时的人们又把迁至吉林的宁古塔将军称作“船厂将军”，之后改成“吉林将军”。
虽然吉林在东北的防务中处于极为重要的位置，但此地毕竟离中俄对峙的前线较远。于是康熙二十二年，清王朝将吉林乌拉将军下属的一个副都统萨布素调到黑龙江边上的瑷珲城，以加强黑龙江流域至外兴安岭一带的防务。一年后，康熙皇帝将萨布素升为黑龙江将军，其地位与宁古塔将军、盛京将军相同。
至此，东北地区正式形成了盛京、吉林和黑龙江三个一级行政区的行政区划。吉林将军的辖地也因为黑龙江独立为一个一级行政区，缩小到松花江以东，包括乌苏里江、绥芬河、牡丹江、图们江等流域，以及黑龙江下游乃至库页岛在内的岛屿。
曾经的东北第一沿海大省
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今天东北面积最大的省是黑龙江，但在清朝前期，东北面积最大的省级行政单位是吉林。
康熙皇帝在平定三藩之乱后，开始着手解决俄罗斯问题。经过两次雅克萨战争，清朝决定与俄国就双方的边界问题进行谈判，最终在尼布楚达成协议，签订了《尼布楚条约》。根据《尼布楚条约》的内容，乌苏里江以东包括库页岛在内的土地均属中国领土。根据清朝的行政区划，这些土地均归吉林将军管辖。
因为乌苏里江东部的广大领土，吉林又成为一个沿海行政区。当时的吉林濒临日本海和鄂霍次克海，有着全国最长的海岸线。同时图们江和黑龙江的出海口也位于吉林辖区以内。除此之外，吉林还管辖着当时中国面积最大的岛屿——库页岛。在那个年代，吉林可以说是东北三个行政区中面积最大的行政区。
虽然吉林虽然面积大，但由于清王朝对吉林实行封禁政策，禁止汉人到此开荒。所以除了八旗兵外，当时只有少量的渔猎民族居住在吉林。清朝将这些民族统称为“边民”。由于这些地区的交通实在是不方便，清王朝对于这些边民采取特殊的管理制度。
在行政制度上，清朝对于边民采取姓长制度，即保留当地边民原始的聚落形态。当时东北渔猎民族的聚落组织主要分为两级，满语称作“哈拉”和“噶珊”。哈拉的长官汉语称作姓长，噶珊的长官汉语称作乡长，姓长和乡长一般由清廷直接任命。
