1644年李自成攻破北京，崇祯皇帝自缢。趁着明朝内乱之际，当时清朝的实际统治者多尔衮率领满清大部入关。刚刚入关的时候，多尔衮仍然延续努尔哈赤和皇太极时期的传统，将东北当作一个行政区。但入关后清朝统治的中心移到了北京，不能直接管理东北地区。为此摄政王多尔衮以顺治皇帝的名义设置了盛京总管一职，负责整个东北地区的军事和行政事务。
从造船厂到将军辖地
就在大清在中原逐步消灭明朝残余势力、统一全国之时，清朝兴起的龙兴之地东北却迎来了一批不速之客——俄国人。俄国在消灭了西伯利亚汗国之后，不断向东方进发。
早在皇太极的时候，俄国人就已经到达了外兴安岭以北的地区，并在勒拿河畔建立雅库次克城堡。顺治九年，俄国军队顺着黑龙江入侵东北的宁古塔，杀害了清朝镇守宁古塔的官兵。此事震动了清廷，使得清廷开始加强东北地区的防务工作。
原本整个东北地区都归盛京总管负责管理。但偌大的东北仅仅设置一个一级行政区，不便于管理，尤其是不利于与俄国接壤地区的防务发展。于是在俄国入侵宁古塔后一年，清朝将开原以北至外兴安岭，以及黑龙江、松花江以及乌苏里江流域的地区拆分成一个新的行政区，设置宁古塔昂邦章京负责管理，之后宁古塔昂邦章京又改称镇守宁古塔等处将军。
要应对俄国的入侵，就得解决军队集结和调动的问题。清朝前期的东北地广人稀，而且有大量的原始森林。在没有现代化交通工具的年代，在东北这种地区进行长距离行军，对于军队而言，是一场严峻的挑战。
好在东北地区河流密集，而且大部分河流都属于黑龙江水系，因此清廷可以通过水路运输士兵。但走水路得有船。早在明朝永乐年间，明成祖派人到东北地区设立造船厂。经过多方勘测，明朝政府最终决定在松花江上游的阿什哈达山崖附近建造造船厂。因为松花江最终将汇入黑龙江，船只建好之后可以直接顺流而下到达黑龙江及黑龙江的其他支流。
但随着明朝政府在东北地区的势力收缩，阿什哈达山崖附近的船厂也逐渐废弃。
为了对付俄国，加强防务，清廷命昂邦章京沙尔虎达在原来明朝造船厂遗址附近重建了造船厂，并在此建造大批运输船和战船。随着船厂规模的扩大，居住在船厂附近的人口越来越多，生活和生产设施也越来越完备，逐渐形成了一个城市。因为这个城市以船厂为中心，沿着松花江发展而成的，因此满人就称这座城为“吉林乌拉”，简称“吉林”，意为沿着河的城。
随着俄国入侵的加剧，清政府迫于形势，决定在东北组建独立的水师营。水师营的舰船和舰船的维修保养工作都由吉林船厂负责，慢慢的吉林船厂逐渐成为当时中国东北的造船中心。
