一、大规模杀害学者、史学家
清朝十分重视文件资料收集工作，将资料史料的汇编与公布一起作为思想钳制、文化统治的一种有效的政治手段，上至中央下至地方都专门设有资料档案管理机构以及专门从事档案文献资料删减编撰歪曲的机构，而且除了清朝的文件资料档案人员之外，当时民间很多学者都有私自从事文件资料汇编和研究的，他们大部分都是因为个人兴趣爱好而进行收集，所以他们很少受到官方约束，大多数都有着正确的史学观，敢说敢写，把写出真实的历史事实的史书作为自己的职业素养和人生信仰，所以其中难免会出现触犯清朝统治者忌讳的言辞，而满清统治者远不是唐宋时期宽宏仁和的皇帝，这些清朝统治者的暴虐远超想象，对待学者的手段极其残暴血腥。
满清统治者对文字狱当事人都是十分残暴与残忍，对于死者开棺戮尸，生者凌迟灭族，就算轻微者都是斩立决，亲朋好友族人都广受牵连，就算是无辜无错的人只要粘上边都是直接流放烟瘴蛮荒之地，惨不忍睹。
而被处罚的案犯中主要以学者、史学家和各阶层的知识分子为主。 比如康熙三年的庄廷龙《明史》案，只因为书中奉明朝为正朔，清朝统治者大为震怒，决定大兴文字狱，庄廷龙虽然早已经死了，仍然被挖棺刀碎尸，庄家15岁以上都尽数处斩，凡参与《明史》整理、润色、作序的学者及其全家老小和亲朋好友全部获罪入狱;参与《明史》有关的写字、刻板、校对、印刷、装订的人员，甚至很多购书者、藏书者统统受到牵连，入狱者多达千人，同时凌迟、斩立决、处绞了70余人，绝大部分都是江浙地区的学者，其中被凌迟处死的就有潘桂章和吴炎两位年轻的史学家，根据有关记载推算此次文字狱最终直接被杀的人至少有1000人，至于间接被杀、沦为阶下囚、死在狱中、死在边远蛮荒之地的人数不胜数。
自此整个社会笼罩在恐怖的文化氛围中，大批学者知识分子闻“文字狱”胆寒，经过明史一案以后，私撰明史的学者、史学家都十分的小心翼翼，甚至很多学者改行变成注释佛经道藏、儒家经典的经学家，到了乾隆时期，学者不仅不敢记述当朝历史，就连汉唐时期的历史都不敢触碰。
令人胆寒的明史案文字狱
自此，中国史学界、思想界、文化界可以说是进入最黑暗的时代。
章太炎在《哀清史》中说道：“士人不敢记述时事以触罗网、后虽有良史，将无所征信。”
二、禁封销毁大量文件史料
清朝文字狱与前朝不同在于将文字狱与禁封销毁文件史料结合起来，大部分文字狱都是因为写了清朝统治者忌讳的文章或者收藏清朝统治者忌讳的禁书引起的，而引起的后果就是大量相关史籍资料被查禁销毁。
还是以康熙年间的《明史》案为例，当时的史学家所编写和记载的内容触犯了清朝统治者的忌讳而被勒令全部焚毁。除此之外，雍正年间的汪景祺《西征随笔》案以及吕留良曾静案中，《西征随笔》和吕留良的著作全部被销毁。
