蒙古人统一江南塞北后，当时户数已达二十三万的华亭县升格为松江府。至元二十九年(1292年)上海县立，隶属于松江府，上海这一名称终于出现了历史中。
由于金与南宋时期大运河的长期淤塞，定鼎于北京的蒙古人选择采用海运的方式从江南调运粮草。从公元1282年开始，蒙古丞相伯颜命上海管军总管罗璧、张瑄、朱清等负责建造平底海船六十艘，从海路向大都运送粮草，这条航线从浏河口(后改为刘家港，今苏州太仓市)出发，经崇明入海，而后一路北上直抵天津。
这条运粮路线的展开虽然一定提升了松江府的政治地位，但这种非商业性的官方贸易并不能真正的盘活经济。况且，真正的上海港(沪渎港)在这一时期同样被泥沙淤塞所困扰，并不能真正实现一个港口的正常功能。
元朝初年，一个流落海南的上海老阿姨回到了家乡。这位名叫黄道婆的女人是松江府乌泥泾镇(今上海市徐汇区华泾镇)人，她从海南岛的黎族同胞学得了纺织棉布的技术，并创新地发明了三锭脚踏纺车，让当时刚刚引入棉花种植技术的松江府成为了南方重要的棉纺织中心，使松江府当地“人既受教,竞相作为,转货他郡,家既就殷”。
海上贸易中心功能难以实现的松江府(上海)只能转而以传统手工业(棉纺织业)中心的身份聊以自慰，然而当时驰名全国的“松江棉布”依旧是当时享誉当时的上海制造品牌。
明朝初年，由于吴淞江的壅塞日益加剧，上海港几乎已经不能使用(而此时的刘家港成为绝对的主角，是郑和下西洋的出发地)。因此，明朝尚书夏原吉采纳建议，放弃已成顽疾的吴淞江,以畅黄浦为主,“于上海(按指上海县城)东北浚范家浜接黄浦通流入海”。在这之后，大跄浦这一正北入江口逐渐成为黄浦江与长江的交汇点，上海港终于有了一个相对稳定港口环境。
正当上海港终于有了大展宏图的机会时，却再次遭遇了中国封建王朝走向衰落与内敛的时代。明王朝为了防范倭寇的袭扰，勒令东南沿海居民“片帆不得入海”，清王朝更是设定了“闭关锁国”的终极国策(尽管上海港曾经在康熙年间获得短暂的海上贸易时期)，这让定位高端的上海港只得望洋兴叹，只能作为一个长江下游的转运码头而存在。
没有海外贸易与内河贸易相统一的上海，永远只能是东南沿海港口中的平凡个体。
公元1842年，签订的《五口通商章程》规定上海成为了日不落帝国与大清王朝贸易的规定地点。随后，来自日不落帝国的工业品如同雪花一般通过上海进入长江流域的每一个内河口岸，而来自内地的无数瓷器、茶叶也从顺流而下从上海发往欧美国家。在世界市场的浪潮下，上海在经历了苦难后终于找到了发展的通途。
1927年7月7日，政府全面控制江浙一带后，专门设置上海特别市，直辖于政府，上海始开是拥有直辖市一级的单独建置(八直辖市：上海、广州、汉口、天津、重庆、北平、青岛与南京)。
