不过，上海近海的脆弱地理条件依旧干扰着当地经济社会的发展。比如，管辖上海地界的海盐县就在公元一世纪年因为海水内侵与地质沉陷而沦为湖泊，县城因此而被迫南徙。
随着汉末三国的战乱更迭，越来越多的北方士族流播江南。当时“避难江南者皆未还中土”，三吴之地(吴郡、会稽郡、吴兴郡所在的苏沪杭一带)成为世家大户的聚集之地。这些来到南方的北人为了生存，必须向大自然求土地。
当时来到上海一带的移民开始大面积开垦田地，修筑圩田(亦作围田)，这是一种筑堤障水、蓄水以灌溉卑湿土地的方法。这种耕作方式的推行，让湖泽遍地的上海西部地带逐渐改变了水泽密布的状态，开始出现大面积的农田与密集人口居住地。从东汉延续到南北朝时代的陆氏家族就在今天松江南部的三泖、华亭一带设立了规模巨大的陆氏庄园。东吴名将陆逊、大书法家陆机都是此上海古庄园的首席代言人。
沪渎港与华亭县
当隋唐帝国的统一步伐迈入江南时，长江下游的上海陆上地区已经在六朝风华的滋养下茁壮成长起来，人口与田亩数不断增加。与此同时，上海的陆上区域也不断向海面上拓展。唐代武德初年(公元618年)，在长汇入海口有东、西二沙洲露出水面,“渐积高广”这就是今天崇明岛的前身。
开元初年(公元713年)，上海人民开始兴筑海塘以御咸潮(海潮侵蚀)。海塘使新涨起土地在未堆积到最高潮位以上时，就脱离了江、海的浸灌。同时又迫使与江流俱来的泥沙更多更快地球积在身以外，人为地加快了陆地扩展的速度。
到盛唐天宝十年(751)，唐政府割苏州海盐县北境、嘉兴县东境、昆山县南境置华亭县。这是上海第一次出现独立的行政区划建制，当时的华亭县基本囊括了今天浦西的所有上海市辖境(杨树浦、复兴岛与浦东大部分地区尚处于海平面之下)。自此，上海开始以独立的风貌屹立于长三角之中。
随着海岸线的推进，松汇入海口逐渐形成了完善的喇叭形海湾，或称三角港。三角港与江身有别，水域广阔，在当时被称作沪渎港。从今天上海旧青浦到市区这段宽阔的港湾，“深广可敢千浦”，是一个承载力较大的新生港口。
