新疆是少数民族聚居之地，存在同一民族跨国而居的现象。清朝初期，为处理好与少数民族的关系，统治者吸取历代的经验，制定了“修其教不易其俗，齐其政不易其宜”的民族政策，对于快速建立起清朝在新疆的统治、保持边疆的基本稳定起了积极的作用。张格尔叛乱平定后，清朝又采取了一些安抚民心的举措。那彦成在处理善后事宜时，先收抚了原来逃亡、服从浩罕的布鲁特以削弱浩罕的势力;又与位于浩罕西南、一向与浩罕为仇的达尔瓦斯部布鲁特取得联系，形成对浩罕的两面夹攻之势。各布鲁特回归清朝之后，“那彦成又将卡外实在出力的布鲁特18部43头人，分别劳绩资格酌定自二品至五品顶翎。”对他们予以奖赏。这些措施在短时间内起了积极的作用，但是由于道光帝的反对，这些措施没有完全地实行下去。道光九年，统治者以“国家无此政体”为由将此措施完全推翻。
其三
调整与邻国的关系，严防西方殖民势力。随着张格尔叛乱的平定，清朝与浩罕的关系日渐好转。在经历了几年的战争后，两国于道光十年(1831年)达成和解。浩罕依仗自己在中亚的军事实力，提出“于通商外，要求免税，并给还前所抄没财产，较前次所求反奢。”面对这些条件道光帝下谕“许该夷仍旧通商，其茶叶、大黄俱在所不禁，并免其货税。”1832年又准许浩罕在南八城设收税官管理贸易及这些地方的行政、警务事宜。“浩罕大喜过望，遣使来，抱经盟誓，通商纳贡。”至此两国间的关系暂时趋于平和。
张格尔叛乱是19世纪早期中外势力的一次交锋。同为封建国家、但国力逊于清朝的浩罕一度攻入新疆，这足以说明清朝在内政外交上存在严重的缺陷。清廷自恃天朝大国将眼光局限于华夏九州之内，全然不顾世界上正在发生的巨变。对西方殖民者与浩罕和张格尔勾结缺乏了解;在对待外敌入侵时，战和不定，反复无常。作为一个面积数百倍于浩罕的封建大国，却输给一个弹丸小国，这不能不说是正在衰落中的大国的悲哀。而它对英国侵略所作出的迟缓反应就真正显露出清朝在外交上的落后。它没有看到英国侵略不同于浩罕的地方，延误了防御外敌入侵的最好时机，也加剧了后来的一系列边患。
19世纪是殖民主义国家聚焦于东亚和东南亚的时期，张格尔叛乱只是英国对古老东方的一次窥探，是它全面入侵的探路石。英国在新疆侵略得逞后又将侵略势力深入西藏等地。与此同时，沙俄也不断扩张它在新疆的势力范围并从经济利益和政治权益等方面提出不合理要求，迫使清政府与之签定了《中俄瑷珲条约》、《北京条约》等，致使中国新疆丧失大片领土。如果清廷在殖民侵略之初能防患于未然，就可以将殖民侵略所带来的危机减少到最低限度。
其四，由海防的研究转向边防的研究，重视西北边疆史地。嘉庆年间以前，由于沿海存在着西方殖民者的骚扰，清政府重视海防，形成了一套完整的海防体系。由于中国特殊的地理环境，“历代备边多在西北。”特别是嘉庆以后，由于中亚和俄国的变化及民族问题的凸现，清朝不得不将治边重点放在西北边疆。
