典型的例子就是两江总督曾国藩和江西巡抚沈葆桢，两人由于观念不同，后来还差点撕破脸皮。曾国藩还打算弹劾沈葆桢，后来还是李鸿章从中调停才算了。事情起因就是曾国藩希望沈葆桢在军费上给予自己支持。
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毕竟那时候朝廷已经穷到开不出军饷，都是让总督们自己去筹军费。但沈葆桢觉得仗已经打完了，没有必要再继续支持曾国藩军费，不如把这些钱用来搞基础建设，恢复江西生产，所以就没有拨款给曾国藩。
由此可见总督并不是土皇帝，他管辖的地方也不是完全受到他管控，所以才说一个总督连巡抚都指挥不动，这是有原因的。根本就在于总督的职责主要还是监督地方官员的行为，省内出现什么大事情，或者政务上需要调和商量的，总督就要和地方官员一起策划议论。
如果巡抚干的不好，那总督是可以上奏弹劾。所以总督在推荐巡抚人选时，一般都会推荐和自己关系好的人，这样一来，总督才能发挥它最大的权力，双方只有密切配合，才能形成和朝廷分庭抗礼的架势。
后来随着晚清政治陷入崩溃，总督实际上已经是地方上的土皇帝，再加上朝廷要求他们募集乡勇，自筹军队对付太平天国，所以像曾国藩、李鸿章从此就拥有了自己的私人武装部队。慈禧西逃期间，当时这些总督们一起密谋，如果慈禧和光绪遭遇不测的话，他们就把李鸿章推出来主持朝政。
但可惜的是慈禧命不该绝，这一计划没有成功。而慈禧在西逃时，这些总督们还策划了东南互保协议，不听从慈禧向西方列强开战的命令，由此可见彼时的地方和朝廷已经分庭抗争，慈禧的权力已经大打折扣。
她先是命令各省总督说：
此次之变，事机杂出，均非意料所及，朝廷慎重邦交，亦不待智者而后知。……此都中近日情形也。大局安危，正难逆料。尔沿海沿江各督抚，惟当懔遵迭次谕旨，各尽其职守之所当为，相机审势，竭力办事，是为至要。
后来听闻各省总督拒不奉诏，慈禧非常生气，以严厉的口吻斥责各省总督说：
尔各督抚度势量力，不欲轻构外衅，诚老成谋国之道……尔各督抚勿再迟疑观望，迅速筹兵筹饷，力保疆土。如有疏失，惟各该督抚是问
但到了后来，随着东南互保已成事实，而且义和团在八国联军的攻击下溃不成军。慈禧意识到“惟各该督抚是问”已经不可能了，这个精明的老婆子只好话锋一转说：
当京师扰乱之时，曾谕令各疆臣固守封圻，不令同时开衅。东南之所以明订约章，极力保护者，悉由遵奉谕旨不欲失和之意。
