二十九年(1601年)十月，面对群臣多年要求立太子的上疏，神宗被逼无奈，只好下令“册立皇长子为太子，暨册封福王、瑞王、惠王、桂王，诏告天下”。次年国本，太子的冠礼、婚礼同时举行。从万历十四年到二十九年，长达十多年的“争”告一段落，朱常洛的储君地位基本稳定。
立谁为太子本是皇帝家事，但为什么这些大臣支持皇长子朱常洛，而不是其他皇子呢?
其一，立朱常洛为太子，符合嫡长子继承制的原则，嫡长子继承制是中国封建社会的继承制度，明太祖朱元璋一登基便册封嫡长子朱标为太子，他认为“国家建储，礼从长嫡，天下之本在焉”。他们维护朱常洛，就是在维护嫡长子继承制，维护明朝祖制和封建礼制。因此，他们在道义上站稳了，于是更加积极地向神宗上疏请立太子。
其二，大臣们的公开站队，也是受利益驱使的。在明朝祖制和封建礼制的束缚下，朱常洛将来被立为太子以及登上皇位基本是没有问题的。这个时候向他示好，牢固他的储君地位，待他即位，这些支持他的大臣将会获得巨大的政治资源。如仁宗朝的“三杨”杨荣、杨士奇、杨溥，仁宗做太子时与汉王朱高煦展开夺嫡斗争，“三杨”都是太子的支持者，当太子一即位，“三杨”便进入内阁，得到政治话语权。
其三，则是明朝特有的言官制度，言官由都察院和吏、户、礼、兵、刑、工六科给事中组成，他们品级不高，但可监察皇帝和群臣，他们被赋予维护规定的权力。明朝监察制度完善，设置都察院、监察御史、六科给事中专门负责监察违背制度的组织群体。都察院“职专纠勃百司，辨明冤枉，提督各道，为天子耳目风纪之司。凡大臣奸邪、小人构党，作威福乱政者，勃。凡百官狠茸贪冒坏官纪者，勃。凡学术不正、上书陈言变乱成宪、希进用者，勃”;十三道监察御史“主察纠内外百司之官邪，或露章面勃，或封章勃”。六科“掌侍从、规谏、补阔、稽察六部百司之事”。正是有了这些制度规定，这些言官敢于向神宗上疏请立太子，他们或因争谏获罪，却也留下“清流”的美名。
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