明万历六年(1578年)，俺答汗赠以"圣识一切瓦齐尔达赖喇嘛"的尊号，达赖喇嘛一称即始于此。索南嘉措得此尊号后，又追认其前两世为第一、二世达赖喇嘛。五世达赖罗桑嘉措受清朝册封之前，一直住在该寺。由于历世达赖喇嘛皆以哲蚌寺为母寺，因此该寺在格鲁派寺院中地位最高。
寺内的主要建筑大都是明清两代陆续修建的。寺院的主要建筑大经堂雄伟壮观，有183根立柱，柱上的雕刻十分精美，还有精美的织绣经幢、挂幢、唐卡(卷轴画)以及佛像、壁画等加以修饰，同时可以容纳八千人诵经。寺内还保存有大量藏族的古代文献和经籍。
1642年，五世达赖喇嘛在寺内噶丹颇章建立地方政权，是宗教正式参与政治的开始。达赖喇嘛迁往布达拉宫后，这里仍然是拉萨三大寺中规模最大、最有势力的一个。
典藏文物
哲蚌寺是拉萨市乃至全藏规模最大的寺庙，其珍贵藏品数量也是相当惊人的。著名的有历代瓷器：寺内所藏甚多，年代有早至宋代者，而以明清特别是清代为最多，种类多属压口杯、小碗之类。各类唐卡：有数百幅，多为明清时代的作品，措钦大殿挂有四幅一组以文房四宝为内容的唐卡，清雅丰富，其中有一套经拆装、推封册页的朱印“大藏经”，共108幅，装在54个特制木箱中，印刷颇工，装帧富丽，夹板精致，至为珍贵。
文殊铜境：通高1.29米，两面錾刻文殊坐像，像极优美生动;镜有华丽檀木圆雕镜座，雕刻精细，造型精美，传为第五世达赖时清顺治皇帝所赐之物。铜造像：有数千尊，种类甚多，最多的是佛、菩萨和各种祖师造像，其中明永乐年间朝廷赍赐的鎏金铜菩萨像非常精致，甚为珍贵。古代兵器铠甲：为数不少，确切年代多不详;措钦大殿的铠甲较完整，对西藏文化史和军事史的研究提供了重要资料。
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