朱元璋统一江南后于1367年下令北伐，他派徐达、常遇春率明军分别攻打山东与河南，并且封锁潼关以防止关中元军进援中原。明军于1368年八月攻陷元大都，元惠宗北逃，史书称此为元朝结束之年。然而元廷仍在上都，往后史书称之为北元。而明廷认为元惠宗顺天明命，谥号为元顺帝。
北元时期
北元地图1368年元廷退回蒙古草原，元惠宗退至上都，隔年又至应昌。他继续使用“大元”国号，史称北元。当时北方除了元惠宗据有漠南漠北，关中还有元将扩廓帖木儿驻守甘肃定西，此外元廷还领有东北地区与云南地区。明太祖为了占领北方，采取兵分二路，各个击破的方式，此即第一次北伐。元惠宗战败后于1370年在应昌去世，元昭宗即位后北逃至漠北和林。明将冯胜夺取了甘肃地区。然而元将扩廓帖木儿仍然在漠北多次与明将徐达等人作战。明太祖曾多次写信招降，但扩廓帖木儿从不理会，被朱元璋称为“当世奇男子”。1378年四月，元昭宗去世，继位的元天元帝继续和明朝对抗，屡次侵犯明境。
至于北元领有的东北地区与云南地区方面：1371年，元朝辽阳行省平章刘益降明，明朝占领辽宁南部。然而其余东北地区仍由元朝太尉纳哈出控制，纳哈出屯兵二十万于金山(今辽宁省昌图金山堡以北辽河南岸一带)，自持畜牧丰盛，与明军对峙了十几年，多次拒绝明朝的招抚。1387年冯胜、傅友德、蓝玉等人发动第五次北伐，目标是攻占纳哈出的金山。经过多次战争，1387年10月，纳哈出投降蓝玉，明朝占领东北地区。镇守云南的元朝梁王把匝剌瓦尔密，在元廷退回草原后仍然继续忠效之。1371年明太祖派汤和等人领兵平定据有四川的明玉珍，并且劝降梁王未果。1381年12月，明军攻入云南，1382年梁王逃离昆明并自杀，随后明军攻克大理，明军平定云南地区。
明太祖为了彻底扫除北元势力，于1388年5月命蓝玉率领明军十五万发动第六次北伐。明军横跨戈壁至捕鱼儿海(今中蒙边境之贝尔湖)击溃元军，俘虏八万余人，元天元帝和他的长子天保奴逃走，但是幼子地保奴被明军擒住，至此北元国势大衰。1388年元天元帝被阿里不哥后裔也速迭尔杀害，北元不再使用年号。1402年鬼力赤杀元帝坤帖木儿后后改国号为鞑靼，北元亡.
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